محسن کدیور در یک مصاحبه چهار قسمتی حوزۀ علمیه قم و جایگاه روحانیون در ایران را طی ۱۲۵ سال اخیر مورد بررسی قرار داده است. کدیور چهار مقطع تاریخی را در ظرف این مدت متمایز و بررسی کرده است:
- دورۀ مشروطیت تا پایان سلطنت رضاشاه: ۱۳۲۰-۱۲۸۳
- دورۀ سلطنت محمدرضا شاه: ۱۳۵۷-۱۳۲۰
- دورۀ آیت‌الله خمینی: ۱۳۶۸-۱۳۵۷
- دورۀ آیت‌الله خامنه‌ای: ۱۴۰۰-۱۳۶۸
از نفوذ روحانیون در جنبش مشروطه تا تاسیس حوزه علمیه
آقای محسن کدیور در بخش اول مصاحبه خود با پروژه ایران ۱۴۰۰ به نقش چند روحانی متشخص در بحث‌های مشروطگی میان مشروطه‌خواهان و مشروعه خواهان می‌پردازد. وی در این بررسی نشان می‌دهد که چگونه میان خود روحانیون نیز درباره نوع حکومت اختلاف نظر وجود داشت و هر یک از این دو اندیشه سعی می‌کرد نفوذ بیشتری در نتیجه داشته باشد.
کدیور همچنین درباره دوره رضاشاه و تلاش وی برای عرفی کردن حکومت (سکولاریزاسیون) و مدرنیزاسیون بحث می‌کند و نتیجه می‌گیرد روش ضد مذهبی رضاشاه و شیوه‌های دیکتاتوری وی باعث شد روحانیون برای حفظ خود دست به تاسیس حوزه دینی قم در سال ۱۳۰۱ بزنند. پژوهش و بینش کدیور در مورد عملکرد و شیوه‌های حوزه‌های دینی روشنگرانه است.
از حوزه علمیه ساکت اما قدرتمند تا حوزه مخالف و انقلابی - ۱۳۵۸-۱۳۲۰
محسن کدیور در قسمت دوم مصاحبه خود به دوگانگی بین فقه و سیاست و همچنین وظیفه چالش برانگیز روحانیون بعد از رضا شاه اشاره می‌کند. در دوران محمدرضا پهلوی تقابل بین قانون اساسی وقت و قانون شریعت اسلام ادامه پیدا کرد. با این حال، شاه جوان و نسبتا ضعیف زمینه را برای روحانیون و حوزه فراهم کرد تا خودشان را با دوران جدید وفق دهند. محسن کدیور ادعا می‌کند که حوزه علمیه در زمان رضا شاه قدرتمند بود ولی ساکت باقی ماند. اما در ابتدای زمامداری محمدرضا پهلوی که آزادی‌های نسبی در جامعه بیشتر شده بود حوزه علمیه فرصت عرض اندام پیدا کرد و در نهایت به یک نیروی قدرتمند و انقلابی تبدیل شد. به باور کدیور نقطه عطف دوران محمدرضا پهلوی بعد از کودتای ۲۸ مرداد و برکنار شدن مصدق بود که شاه کم کم رویکرد دیکتاتوری گرفت و قدرتمندتر شد. علاوه بر این اصلاحات ارضی و تصویب قوانین حامی زنان توسط شاه بستر را برای زورآزمایی و نقش انقلابی حوزه علمی فراهم کرد. این مصاحبه کدیور به صورت دقیق و منطقی چالش حوزه علمیه را برای تبدیل شدن به یک قدرت سیاسی آشکار نشان می‌دهد.
دکترین ولایت فقیه و حکومت دینی - ۱۳۶۸-۱۳۵۸
ظهور اسلام سیاسی، تشکیل حکومت دینی و مطرح شدن دکترین ولایت فقیه در دوران زمامداری آیت‌الله خمینی از جمله مواردی هستند که محسن کدیور در سومین قسمت مصاحبه خود به آن‌ها می‌پردازد. کدیور همچنین روایتی موجز از فضای عقیدتی دوران انقلاب اسلامی ارائه می‌دهد. کدیور معتقد است که وابستگی محمدرضا پهلوی به ایالات متحده آمریکا به ویژه در سال‌های پس از کودتای ۱۳۳۲ و موضع ضد امپریالیستی احزاب مختلف کمونیستی در ایران، همراه با فقدان آزادی‌های سیاسی منجر به اجماع برخی از عمده‌ترین نیروهای اپوزیسیون آن زمان از جمله ملی‌گرایان، کمونیست‌ها و اسلام‌گرایان با یکدیگر شد که در نهایت منجر به خلع شاه شد. در ادامه مخالفت‌های نیروهای اپوزیسیون با رژیم پهلوی آیت‌الله خمینی تبدیل به یک شخصیت کاریزماتیک شد که توان کشاندن مردم به خیابان‌ها را داشت و این عملان برای حوزه علمیه تبدیل به یک چالش شد که چگونه با اسلام سیاسی و حکومت اسلامی وفق پیدا کند.
از جمله نکات قابل توجهی که کدیور به آن اشاره می‌کند پیروی نکردن چهار تن از معروف‌ترین شاگردان آیت‌الله حائری از وی در زمینه سیاسی نکردن اسلام و دکترین ولایت فقیه است. خمینی که برجسته‌ترین این چهار نفر بود در نهایت حکومتی بر مبنای ولایت فقیه بنا نهاد که منجر به ابراز مخالفت بدنه سنتی روحانیت و حوزه با وی شد. کدیور ماحصل سال‌ها تحقیق و پژوهش خود را در زمینه حوزه و روحانیت در این مصاحبه ارائه می‌دهد.
ظهور روحانیت حکومتی به عنوان یک بنگاه اقتصادی
تغییر و تحولات حوزه علمیه در زمان زمامداری خامنه‌ای محور اصلی چهارمین و آخرین قسمت از مصاحبه محسن کدیور با پروژه ایران ۱۴۰۰ است. به طور کلی کدیور مدعی است که حوزه علمیه نسبت به زمان پهلوی سازمان یافته‌تر و بوروکراتیک‌تر شده است و تبدیل به یک بنگاه اقتصادی شده است. این در حالی است که وضعیت معیشتی روحانیون مستقل و غیر حکومتی بهبود چندانی پیدا نکرده است و در عین حال روحانیون وابسته به حکومت از مزایای مالی و رفاهی گسترده‌ای برخوردار هستند. کدیور همچنین به تنوع علومی که به طلاب در حوزه‌های علمیه آموزش داده می‌شود اشاره می‌کند.
پیش بینی کدیور از قرن جدید در ایران هم بسیار هوشیارانه است. او به اختلاف و چالش بزرگ میان اسلام سیاسی و غیر سیاسی در میان طلاب و حوزه علمیه اشاره می‌کند که در قرن جدید هم به نظر او ادامه خواهد یافت. کدیور باور دارد که تجربه ۴ دهه حکومت دینی با یک بازخورد ضد دینی و جنبش سکولار ناپخته از سوی مردم همراه خواهد بود. اگر چه که به عقیده وی روحانیت و مرجعیت سنتی در قرن جدید همواره وجود خواهد داشت اما بدون اقتدار کنونی.